环境执行机关对于环境污染纠纷依据一定的程序进行，以使调处过程合法，并使纠纷得到有效的解决。
    一、登记审查
    环境行政执法机关调处环境污染纠纷是以当事人的请求为前提的。环境执法人员接到当事人书面或口头申请，应先接受登记，接受是环境执行执法机关对群众的污染举报、检举揭发、控告的环境污染纠纷进行接待、接纳登记的活动。环境执法人员对于当事人出面或口头申报，不管是否有权管辖，反映的情况是否属实，是否符合受理立案的条件，都应认真接受下来，进行登记备案。然后对是否立案进行审查，审查的内容主要以下四个方面：
    1、管辖权审查
    首先审查是否属本部门管辖，其次查级别管辖和地域管理问题。
    （1）县级环境行政执法机关负责调处本行政区内的环境污染纠纷；市级环境执行机关管辖本行政区域重大环境污染纠纷的调处。
    （2）上级环境行政执法机关对所属下级环境行政执法机关管辖的环境纠纷有权处理；也可以把自己管辖的环境污染纠纷交下级环境行政执法机关处理。
    （3）跨行政区域的环境污染纠纷，涉案各方面都有权管辖，但由被污染所在地（即污染发生地）的环境行政执法机关管辖，双方管辖发生争议的，由双方协商解决，协商不成的，由其共同的上级环境行政执法机关管辖。
    2、时效审查
   《环境保护法》第42条规定：“因环境污染损害赔偿提起诉讼的时效时间为三年，从当事知道或者应当受到污染损害时起计算”。超过三年不追溯的，权利人将丧失胜诉权。调处环境污染纠纷也适用此时效期间的规定。
    3、审查有无具体的请求事项和事实依据。
    二、立案受理
    是否立案受理最迟应在接到申请之日起7日内作出决定。
    对不符合受理条件的，告知当事人其解决问题的途径。
    对符合受理条件的，正式立案受理。环境行政执法机关发出受理通知书。同时将受理通知书副本送达被申请人，要求其提出答辩，不答辩的，不影响调处。
    在以下情况下，即使环保部门有管辖权，也不受理；
    1、人民法院已经受理的环境污染纠纷；
    2、其他有权管辖的部门已经受理的重大环境污染纠纷；
    3、下级环境行政执法机关或人民政府已经受理的重大环境污染纠纷；
    4、上级环境行政执法机关或人民政府已经受理的重大环境污染纠纷；
    5、行为主体无法确定的环境污染纠纷；
    6、超过法定期限的环境污染纠纷；
    7、因时国境迁，证据无法收集，也不可能收集到的环境污染纠纷。
    三、调查取证和签定
    环保部门在案件受理后，除了对当事人双方提供的证据进行审核外，还要依法客观、公正、全面的收集与案件有关的证据，调查核实污染事实，需要专业技术鉴定的，还要请相关部门（比如环境监测站）作出签定。
      1、对调查取得的证据、信息及双方当事人提供的证据进行汇总分析，理顺案情，辩明是非，分清责任。
   2、调解 
    如果双方当事人都愿意接受调解，应召集双方当事人进行调解；当事人双方自愿达成协议的，应签订《环境污染纠纷调解协议书》，一式三份，在《协议书》上签字盖章单位公章后送双方当事人。
如果有一方当事人不愿意接受调解，对双方又无违法行为需要查处的，告知当事人可以通过民事诉讼途径解决环境污染纠纷，调处结束。
    五、结案 
    1、双方当事人通过调解达成协议的，环境保护部门作为见证人，留一份协议存查，并写出纠纷处理过程的结案报告。
    2、对调解不成的，在告知双方当事人可采取民事诉讼途径解决之后，写出结案报告。
    六、立卷归档 
   将全部材料及时整理。装订成卷，按一式一卷要求存档备查。 四、审查